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NEXT GENERATION SEQUENCING

Dans notre recherche pour trouver les bonnes bactéries, nous avons optimisé une  Next Generation Sequencing plateforme pour l'analyse du microbiome. Mais qu'est-ce que le NGS exactement ? Et que pouvez-vous en faire ?

QU'EST-CE QUE LE NEXT GENERATION SEQUENCING ?

Dans le passé, les gens déterminaient le code ADN gène par gène. Heureusement, les techniques d'analyse du matériel génétique tel que l'ADN et l'ARN se sont considérablement améliorées au cours des 20 dernières années. Pensez aux tests Covid dans lesquels une technique PCR (réaction en chaîne par polymérase) est utilisée pour quantifier la quantité de matériel génétique viral, l'ARN dans le cas du virus SRAS-CoV2. Cette analyse est basée spécifiquement sur la présence d'une courte séquence génétique qui est ensuite amplifiée.

Le séquençage de nouvelle génération (NGS) va plus loin et ne se contente pas d'examiner une séquence spécifique, mais vise à lire le code de tout l'ADN ou ARN présent dans un échantillon donné. Le projet du génome humain en particulier, parrainé par le National Institute of Health (NIH), a donné un énorme coup de pouce à l'amélioration des techniques NGS. Après avoir obtenu une énorme quantité de données (de grands fichiers texte avec le code des paires de bases de l'ADN ; c'est-à-dire ACTGATTTCCC...), la bioinformatique est utilisée pour trouver à quoi correspondent ces codes. En fonction de l'échantillon et de la question de recherche, on peut rechercher spécifiquement des similitudes avec les codes génétiques des plantes, des animaux, des personnes, des virus, des champignons, des bactéries,... ou tous ces éléments en même temps.

QUE POUVEZ-VOUS
EN FAIRE ?

Nous prélevons d'abord un échantillon, par exemple à l'aide d'un écouvillon de la peau, et nous pouvons purifier l'ADN de cet échantillon. Avec l'aide du NGS, tout le matériel ADN est lu. Nous pourrons alors déterminer quelles bactéries sont présentes sur la peau. Grâce à l'énorme quantité d'informations, nous savons non seulement si certains Staphylococcus spp. sont présents, mais nous pouvons même vérifier si une souche spécifique comme le Staphylococcus aureus MRSA, la bactérie hospitalière bien connue, est présente.

Bien entendu, il ne s'agit que d'un exemple concret ; les possibilités et les techniques sont constamment améliorées et étendues. Il nous donne, ainsi qu'à d'autres chercheurs du monde entier, une boîte à outils puissante pour mieux comprendre divers domaines de recherche complexes !

NGS_1_RS

En collaboration avec l'Université d'Anvers (Laboratoire de microbiologie appliquée et de biotechnologie - Prof. Sarah Lebeer), nous avons optimisé une plateforme NEXT-GEN-SEQUENCING pour l'analyse du microbiome. Cela nous a permis d'analyser l'ARNr 16S (bactéries) et l'ITS ( mycoses) pour les échantillons à faible biomasse (comme la peau).

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